Câu lạc bộ thành lập năm 1946 với tư cách câu lạc bộ của công ty, Câu lạc bộ bóng đá Điện Furukawa (古河電気工業サッカー部, Câu lạc bộ bóng đá Điện Furukawa?). Khi còn là câu lạc bộ công ty, đội hai lần giành Japan Soccer League, 4 chiếc Cúp Hoàng đế và 3 lần giành JSL League Cup. Furukawa cũng giành chức vô địch Giải bóng đá vô địch câu lạc bộ châu Á 1986-87, danh hiệu cao nhất dành cho câu lạc bộ ở châu Á; họ là câu lạc bộ Nhật Bản đầu tiên làm được điều này.

Khi giải VĐQG bắt đầu năm 1965, câu lạc bộ luôn thi đấu tại giải đấu cao nhất Nhật Bản và là câu lạc bộ Nhật Bản duy nhất chưa từng xuống hạng từ JSL1, một kỷ lục họ giữ tới tận những năm thi đấu tại J1. Họ kết thúc mùa 1978 ở vị trí xuống hạng (thứ 10) nhưng vẫn trụ hạng thành công sau khi đánh bại Honda F.C. 1-0 sau hai lượt trận playoff. Vị trí cuối không tự động xuống hạng cho tận đến mùa 1980.

Năm 1991, họ kết hợp với đội bóng của công ty Đường sắt Đông Nhật Bản trở thành Câu lạc bộ bóng đá Đường sắt Đông Nhật Bản Furukawa (東日本ジェイアール古河サッカークラブ, Câu lạc bộ bóng đá Đường sắt Đông Nhật Bản Furukawa?) và rồi đổi tên thành JEF United Ichihara khi J. League thành lập 1993. Đội bóng bắt đầu được xây dựng xung quanh tuyển thủ Đội tuyển bóng đá quốc gia Đức Pierre Littbarski.

Từ năm 1998 đến 2000, đội bóng bắt đầu đấu tranh để được ở lại J. League và bắt đầu một loạt những nỗ lực để trở thành một đội bóng cạnh tranh. Kể từ khi thuê Ivica Osim vào năm 2003, JEF United đã bắt đầu cạnh tranh cho chức vô địch mỗi năm mặc dù nguồn lực hạn chế và lượng khán giả ít ỏi.

Ngày 16 tháng 7 năm 2006, Osim rời câu lạc bộ để làm huấn luyện viên của đội tuyển quốc gia Nhật Bản và được kế nhiệm bởi Amar Osim, con trai của ông và trợ lý huấn luyện viên . Ngày 5 tháng 12 năm 2007, câu lạc bộ thông báo rằng Amar Osim đã bị sa thải sau khi kết thúc ở vị trí thứ 13.

Sau 13 trận trong mùa giải 2008. Josip Kuze đã bị sa thải cùng với đội ngũ quản lý. Ngày 8 tháng 5 năm 2008 câu lạc bộ thông báo rằng Alex Miller là huấn luyện viên mới. Miller từng là Huấn luyện viên đội một tại Liverpool FC cùng với Rafael Benítez trước khi gia nhập JEF United.

Điện Furukawa không còn là nhà tài trợ chính của câu lạc bộ, thay thế cho họ là Điện Fuji.

Ngày 08 tháng 11 năm 2009, JEF United Chiba đã bị xuống hạng J2 sau 44 mùa ở giải đấu cao nhất Nhật Bản; từ năm 2010, JEF United Chiba thi đấu tại J. League Hạng 2.

JEF United Chiba đã gần được thăng hạng J. League Hạng 1 mùa giải 2012. Câu lạc bộ được coi là một trong những đội có thể được thăng hạng trực tiếp J1. Tuy nhiên, sau khi thất bại trước đội bóng được coi là yếu hơn như FC Gifu và F.C. Machida Zelvia, JEF phải thi đấu playoffs, lọt vào trận chung kết. Họ đã đánh bại Yokohama FC 4-0, nhưng thua trong trận chung kết trước Oita Trinita 1-0, trên Sân vận động Quốc gia Tokyo.

Năm 2013 một lần nữa họ có cơ hội thăng hạng J1. Họ đã thua ở trận bán kết trước Tokushima Vortis sau trận hòa 1-1 (Chiba giành vị trí thứ 6 còn Tokushima giành vị trí thứ 3 trên bảng xếp hạng, theo quy định câu lạc bộ giành vị trí cao hơn sẽ vào chung kết nếu có tỉ số hòa)

Năm 2014 họ lại một lần nữa có cơ hội thăng hạng. Câu lạc bộ không phải chơi trận bán kết (Câu lạc bộ Giravanz Kitakyushu không đủ tiêu chuẩn về sân vận động nên họ không được thi đấu playoff). Trong trận chung kết với Montedio Yamagata, họ để thua 0-1, trên Sân vận động Ajinomoto.